Durante la vigencia del sistema comunista, las relaciones bilaterales en todos sus aspectos se dieron dentro del marco estatal, privilegiándose los sectores comercial y cultural. En el campo comercial fue muy utilizado el sistema de comercio compensado, siendo Checoslovaquia un tradicional importador de harina de pescado y pescado congelado peruano, en tanto que el Perú adquiría maquinaria, en especial grupos electrógenos. Por su parte, la cooperación en el ámbito cultural era fluida, principalmente en el otorgamiento de becas para estudios universitarios (se concedían un promedio de 15 becas anuales).
En la actualidad, a pesar de la distancia y al hecho de que ambos países pertenecen a áreas geográficas que no se consideran mutuamente prioritarias, la relación bilateral continúa siendo armónica, cordial y dinámica, manteniéndose los sectores de cooperación, cultural y turismo, así como el diálogo político-diplomático, como los más activos.
El Perú y la República Checa son dos países que han iniciado un proceso de transformación estructural político-económica relativamente reciente, cuyo sistema democrático está en vías de consolidación en ambos casos, y en los que se ha aplicado un programa económico orientado al mercado. Se trata, además, de economías complementarias, lo que debe favorecer el fomento del intercambio comercial. Esta situación presenta condiciones para generar intereses recíprocos relevantes, especialmente de naturaleza económica.
Asimismo, ambos países se han destacado por su activa participación en los procesos de integración regional a nivel de la Unión Europea y la Comunidad Andina, con miras al Acuerdo de Asociación entre ambos bloques regionales, el mismo que se vino negociando a partir del año 2007 y, finalmente, fue firmado el 19 de mayo de 2010.
El diálogo bilateral, igualmente, se ha afianzado y profundizado, a través de la adopción de una agenda bilateral actualizada y renovada, en la que los esfuerzos por consolidar la democracia, la lucha por la defensa de los derechos humanos y la gobernabilidad, son temas de gran relevancia.
Un tema de relevancia que centra el interés bilateral fue el constituido por la “Cumbre de Lima”, Cumbre de la Unión Europea (UE) y América Latina y el Caribe (ALC), en mayo del 2008, que cumplió su propósito de fortalecer la asociación estratégica birregional y hacer efectiva la lucha contra la pobreza y el cambio climático, ente otros temas capitales.
Debe mencionarse también que la ciudad de Praga fue la XIV Reunión Ministerial Institucionalizada entre la Unión Europea y el Grupo de Río en abril de 2009, en mérito igualmente al ejercicio de la Presidencia checa de la UE, tomando la posta de la XIII Reunión realizada el 20 de abril de ese año en Santo Domingo, República Dominicana.
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